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LA BEINE LACUSTRE
La beine littorale est une zone très importante du lac d'un point de vue biologique. Pratiquement toutes les espèces de poissons y séjournent à un stade ou l'autre de leur vie. C'est là que pousse la végétation aquatique, suffisamment de lumière ne parvenant que jusqu'à 8 m de profondeur environ. Toute atteinte à la beine littorale peut compromettre gravement l'équilibre de l'ensemble des populations de poissons à l'échelle du lac tout entier.
     
   
     

L'EMBOUCHURE D'UNE RIVIÈRE
L'embouchure d'une rivière est un milieu privilégié puisqu'on y trouve à la fois des espèces typiques des cours d'eau et des lacs. Ces eaux contiennent des micro-organismes provenant de ces 2 milieux et sont donc très riches en nourriture. Plusieurs espèces de poissons migrent du lac dans les rivières et se rassemblent donc à un moment ou l'autre de l'année près des embouchures.
     
   
     

LES GRANDS FONDS
Les grands fonds sont généralement pauvres en espèces de poissons. Pratiquement aucune lumière du jour ne parvient au delà de 50 m de profondeur. On y trouve généralement que des lottes, et des ombles chevaliers en hiver sur leur site de frai, "les omblières". Ces sites sont rares sur le Léman et font donc l'objet de plusieurs mesures de protection.
     
   
     

LES MARAIS
Les marais sont des milieux d'eau calme, relativement chauds et faiblement oxygénés. La végétation aquatique y est abondante. C'est la zone de prédilection pour certaines espèces de cyprinidés et pour quelques grands prédateurs.
     
   
     

LES CANAUX
De nombreux canaux ont été construits pour drainer les plaines alluviales comme la plaine du Rhône ou de l'Orbe. Pour autant que la qualité de l'eau soit suffisante, certains de ces canaux présentent une faune piscicole diversifiée.